在过去十年中，核酸测序和质谱技术的进步使得能够更快速，更有信息地进行宏基因组，转录组，蛋白质组学和代谢组学的分析。在这里，我们回顾了多环境和人类微生物多组学分析的关键，讨论了为了解决当前缺陷未来的一些潜在的发展方向。